Niğde ve çevresinde paleolitik çağlardan günümüze kesintisiz bir yerleşimin sürdüğü yapılan araştırmalarla ortaya çıkarılmıştır.
Çok eski bir kültüre ev sahipliği yapan Niğde’den çıkarılan değerli arkeolojik yapıtları sergileyen müze kent merkezinde yer almaktadır.
Müzedeki 6 farklı sergi salonunda kent ve civarında geçmişten bugüne- neolitik ve kalkolitik -çağlarda Pınarbaşı, Köşk, Tepecik höyükleri ve Kaletepe Obsidiyen Atölyesi’nden çıkarılan obsidiyen malzemeler, mezar buluntuları, tanrı- tanrıça heykelleri, aletler, Eski Tunç Çağı- MÖ 3000’de- Çamardı- Celaller Köyü- Göltepe Höyük’ten çıkarılan madencilere ait buluntular, Acemhöyük- Ulukışla- Darboğaz Kasabası buluntuları, Asur’da ticaret merkezi- Acemhöyük- Puruşhanda buluntuları, Geç Hitit- Frig dönemi- MÖ 1000, Nahita ile Tuvanuva krallıklarına ait fırtına ve bereket tanrısı stelleri, Hitit Hiyeroglifiyle yazılmış kitabeler, Kaynarca Tümülüsü buluntuları, Frig dönemi seramikleri ile Göllüdağ Aslanı ile birlikte Helenistik, Roma ve Bizans dönemleri buluntuları, Tepebağları, Porsuk Höyük ve Acemhöyük’e ait pişmiş toprak, cam eserler, mühür baskıları, Roma heykelcikleri ve Bizans yapıtları, Tyana- II. yy. Roma İmparatorluk Dönemi heykeltıraşlık ürünleri, mezar stelleri, Grek, Helenistik, Roma, Bizans ve İslami-Osmanlı dönemi sikkeleri, 10. yy. Aksaray- Ihlara– Rahibe mumyası, 13. yy. Çanlı Kilise 4 adet bebek mumyaları ile Selçuklu- gümüş define ile Kapadokya Krallığı- Tepebağları definesi, etnografik eserlerden silahlar, el yazmaları, yazı takımları, aydınlatma araçları, halılar, kilimler, âlemler, takılar ve İlhanlı Dönemi ve Kaçar Türkler sinisi– sergilenmektedir.
Hem bölgenin hem de ülkenin en önemli ve başarılı müzelerinden biri olan Niğde Müzesi, 2003 yılında, Avrupa’da Yılın Müzesi seçilmiştir.