Kıbrıs ve Toroslar arasında Çukurova’nın Mezopotamya girişinde yer alan Mersin-Yumuktepe ülkenin ve bölgenin en eski höyüklerden biridir.
Kesintisiz 9000 ya da 8000 yıllık yerleşimin olduğu Yumuktepe’de yapılan kazılarda üst üste yığılarak 25 m yüksekliğinde 33 yaşam tabakası bulunmuştur.
Ana yollar üzerindeki Yumuktepe’de çağlar boyunca ticari, kültürel alışveriş olmuştur. MÖ 7000- MÖ 5000 neolitik döneme (cilalı taş) ait 4 tabakada ilk tarım faaliyetlerinin yapıldığı, ürünlerin silolarda saklandığı evcil hayvanlar, koyun, keçi, domuz ve sığırın beslendiği belirlenmiştir. Ayrıca kazılarda renkli, iyi pişmiş çanak-çömlekler ortaya çıkarılmış ve hoker gömme mezarlarına da rastlanmıştır.
Yumuktepe’nin incir ile zeytinin anavatanı olduğu, üzümün de MÖ 7000 yıllarında kente geldiği yapılan araştırmalardan anlaşılmaktadır.
Kazılarda MÖ 5000- MÖ 4500 yılları arasında teraslar üzerinde evlerin yapıldığı ve dünyanın ilk kalesi kabul edilen yapının surlarla çevrildiği belirlenmiştir. Kalede prehistorik döneme ait taş ve polikrom (çok renkli) seramikler, volkan camından (obsidyen) ve erimiş bakırdan yapılan aletler ile balta, keser, iğne gibi araç- gereçlerin yanında pek çok değerli buluntu ortaya çıkarılmıştır.
Ayrıca yine bu dönemde Yumuktepe’de teknolojik gelişme sayılan aletler ile ilk toplum hiyerarşisinin ortaya çıktığına dair da buluntulara da rastlanmıştır.
Tunç (bronz) çağında Yumuktepe, MÖ 3000- MÖ 1200 yıllarında Hitit etkisinin altında Kizzuwatna Devleti’ne ait bir yerleşim yeriydi.Halkın kendi ürettikleri yanında içki kapları (depaslar), meyve kaseleri gibi dışarıdan gelen eşyaları da kullandıkları bilinmektedir.
Mezar odaları, zeytin, üzüm gibi tarım ürünleri, evcil hayvan kalıntıları ile döneme ait faaliyet izlerine III. ve IV. tabakada rastlanmıştır.
Mersin ve Yumuktepe MÖ 1200 yıllarında Mısır’dan gelen kavimlerden Asurlular ile batıdan gelen denizci halklar (koloniler) tarafından tahrip edilerek el değiştirmiştir.
MÖ 1150- MÖ 500 Demir çağı dönemindeYunan, Kıbrıs, Fenike izleri ticari ve kültürel yaşam üzerinde etkili olmuştur. Aynı süreçte Helen etkisi amforalara yansırken kuru erzak, şarap ve zeytinyağı ticaretinin yine bu dönemde arttığı da belirlenmiştir. Ticaretin Kıbrıs, Kuzey Suriye, Ege ve Yunan adaları arasında yoğunlaştığı eldeki belgelerden anlaşılmaktadır.
Erken Roma döneminde kente Şafak Tanrıçası Eos’un (Arora) çoçuklarından biri Zephyrios’dan dolayı anlamı meltemlik (batı rüzgarı) olan Zephyrium denilmiş.
Yumuktepe’ye MÖ 1200 yılına kadar tüm kenti koruyan surlar yapılmıştır. Ayrıca kalkolitik dönemden Hititlere, sonrasında da Bizans’a kadar kenti çevreleyen surlar ya desteklenmiş ya da genişletilmiştir. Yumuktepe’nin 10 km güneyindeki komşusu Solipolis deniz ticaretinde öne çıkınca Yumuktepe eski önemini yitirse de kalesi ortaçağa kadar kullanılmıştır.
Zephyrium’a ait Horasan duvar kalıntıları, mermer aslan başı, mermer sütunlar, sütun başları ve Yumuktepe’de çıkarılan diğer eserler Mersin ve Adana müzelerinde sergilenmektedir.
Daha sonra Roma imparatoru Hadrian tarafından kentin adı Hadrianapolis olarak değiştirilmiştir.
Kıyılara görkemli anıtlar yaptırmayı seven Romalılar zamanında Yumuktepe’nin bir köy yerleşimi olarak kaldığı dikkat çekmektedir.
Ortaçağda MS 1000-1300 yılları arasında surlarla çevrili bir köy olan Yumuktepe’de bu döneme ait yol kalıntıları ve özensiz mimari eserlere rastlanmıştır.
Doğu Roma- Bizans döneminde ekmeklik buğday ve diğer buğday türleriyle incirin kurutulup yoğun tüketildiği belirlenmiştir. Ayrıca bakla, kiraz, vişne, nar ve badem de dönemin en çok tüketilen ürünleri olarak kayda geçmiştir.
Zamanla bölge ve kente yayılan Hıristiyanlık ve ardından da İslami dönemlerine ait kalıntılara da yerleşim yerinde bulunmuştur.
Kentte, Osmanlı Dönemi 1870 yılına ait salnameler (yıllık) bulunmuştur. Bu yıllıklarda Fransa, İngiltere, Mısır ve Rusya’ya darı, pirinç, pırasa, tütün, soğan, patates, ceviz, kavun, karpuz, ayva, armut, şeftali, limon ve portakal gönderildiği öğrenilmektedir.
Ayrıca kentte Arap istilalarıyla ve sonraki dönemde bölgeye gelen 10. ve 13. yy. da Müslüman kültüre ait izlere 3 tabakada rastlanmıştır.