Çukurova’yı Anadolu’ya bağlayan en önemli geçiş güzergahı üzerinde olan Tarsus’un bazı kaynaklara göre eski Yunan halklarından Argoslular ya da Zeus’un oğlu cesur ve güçlü Herakles tarafından kurulduğu varsayılmaktadır.
Ancak yapılan bilimsel araştırmalar ve kazılar sonucunda MÖ 3000- 2000 yıllarında Asurluların Tarzu, Hititlerin de Tarşit dedikleri yerin Tarsus olduğu belirlenmiştir.
Kentin kökenininde Yunan ve Helenistik dönemin izlerine rastlansa da Prusalı (Bursa) Dio’nun 1. yy.’ da kentteki söylevinde halka Akdeniz kavmi MÖ 1000 -MÖ 300 Fenikeliler diye seslenmesi, kentin Yunanlılara hiç benzemeyen adetlerden, giyimden bahsetmesi kentlilerin kökenin de Fenikelilerin de olduğu sonucunu doğurmaktadır. Kral Yolu üzerinde olduğu için gelişimi aralıksız devam eden Tarsus, MÖ 6. yy.’da Çukurova Prensliği’nin de merkeziydi.
MÖ 6. yy. sonunda Pers, MÖ 333’de Persleri yenen Büyük İskender kente Yunan-Makedon kültürünü taşımıştır. Bölge ile beraber Tarsus da Helenleşmeye başlamıştır. MÖ 2.yy.da İskender’in komutanlarından Selukoslar tarafından yönetilen kent, zamanla Roma egemenliğine girmiştir.
MÖ 67 yılından sonra da Romalı Komutan Pompeius korsanları bölgeden kovunca kentin Roma’nın bir eyaleti olmuştur.
Roma döneminde Kydnos (Berdan) Tarsus Çayı ile denize açılan Tarsus, gemilerin kente kadar gelebildiği göl gibi bir limana sahipti. Deniz ile karayolları birleştirilmiş böylece kent tarım, ticaret ve kültürün de merkezi haline gelmiştir.
Böylece ticari, dini, kültürel anlamda gelişenTarsus, MÖ 1. yy.’da Kilikya ile Suriye’nin başkenti olmuştur.
MÖ 66 Roma döneminde, önemli kentlerin sahip olduğu onursal Metropolislik ünvanı verilen Tarsus, Kilikya eyaletinin merkezi olarak son derece parlak günler yaşamaya başlamıştır.
Nüfusu 450 bini geçen Tarsus’da 200 bin ciltlik kütüphane ile çok sayıdaki üniversitenin var olduğu, dönemin pek çok şair, filozof, yazar, bilim insanının da burada yaşadığı bilinmektedir. Üniversitelerdeki tüm Tarsuslu hocaların diğer kentlerdeki okullarda da aranan bilim insanları olması kentin gelişmişliğinin en önemli göstergesi kabul edilmektedir.
Roma yasalarına göre yönetilen özgür kent Tarsus, MÖ 63 Strabon’a göre felsefe ve tüm eğitici dersler içeren okullarıyla dönemin önemli kentlerini -İskenderiye, Atina vb.- geride bırakmıştır.
Ortaçağ’da etrafının hendeklerle çevrili olması, surlarının sık sık onarılması Tarsus’un bu dönemde de önemini ortaya koymaktadır.
Kente zamanla sayıları üç (Dağ, Deniz, Adana) olsa da o dönemde beş kapıdan girildiği de kaynaklarda rastlanan bilgilerdendir. Mısır Kraliçesi MÖ 41 yılında VII. Kleopatra’da Berdan Çayı üzerinden Deniz Kapısı’ndan kente girerek Gözlükule yakınlarında General Antonius ile buluşmuştur.
Roma döneminde ortaya çıkan Hıristiyanlığın yayılma sürecinde de Tarsus, önemli rol oynamıştır. Özellikle İsa’nın öğretilerini din haline getiren en önemli kişilerden Tarsuslu Paul, Barnabas tarafından Antiokheia’ya götürülene kadar zamanını çoğunlukla Tarsus’da geçirmiştir.
Ailenin kökenine bakılarak yurttaşlık alındığı için eğitimini Kudüs’te tamamlayan ve farklı kentlerde yaşamış olan 5- 67 St. Paulus (Paul) Hıristiyanlığı kabul ettiği için Kudüs’ten çıkarılmış ve ailesinin vatandaşı olduğu Roma kenti, Anadolu yaylasına girilen en önemli kapı Tarsus’a geri gelmiştir. Burada İsa’nın ilk havarilerinden biri olarak dini öğretileri yaymaya başlamıştır.
St. Paul Hıristiyanlığın Anadolu’da yayılma sürecinde seyahatleri ve vaazlarıyla en önemli kişilerden biri olmuştur.
Bu dönemde kentte Paulos Tapınağı, kral sarayları, pazar yerleri, caddeler, köprüler, hamamlar, çeşmeler, havuzlar ve akarsu sahilinde gençler için gymnazyum ve stadyum inşa edilmiştir.
Roma dönemi 313 yılında Milano Fermanı’yla yayılması serbest bırakılan Hıristiyanlık ile Tarsus’un önemi iyice artmıştır. 395 yılında Doğu Roma- Bizans toprağı olan Tarsus, bu dönemde de gelişimini sürdürebilmiştir.
Daha sonra 7. yy. Anadolu’yu istila eden Arapların da eline geçen Tarsus, 1071 yılında Selçuklu, 16. yy. da Osmanlı topraklarına dâhil edilmiştir.
Osmanlı döneminde, Mısır’dan getirilen uzun lifli pamuklar ekilerek bataklıkların kurutulması, yeni su kanallarının açılması Tarsus’a verilen önemi bir kez daha göstermiştir.
Bugün Mersin- Adana arasında halen önemli bir kavşak noktası olan Tarsus bir zamanlar deniz kıyısında bir yerleşim yeri iken alüvyonların kıyıyı doldurması sonucu artık denizden oldukça içeride yer almaktadır.
Kentte en çok ziyaret edilen tarihi mekanlar; Vatikan tarafından hac yeri ilan edilen ve her yıl çok sayıda Hıristiyan’ı bölgeye çeken Saint (Aziz) Paul’ün Evi (Kilisesi) ve Kuyusu ile Müslümanlar içinde önemli bir ziyaret yeri Eshab-ı Keyf Mağarası, kervansaray ve Ulu Cami ile Kleopatra Kapısı, Jüstinanos Köprüsü, İskender ve Roma hamamları, su terazisi gelmektedir.